김무성(65) 전 새누리당 대표의 누나 김문희(88)씨가 이사장으로 있는 용문학원 재단이 임대사업에 사용하던 부동산을 학교부지로 활용하다 부과받은 50억원대 법인세 불복소송에서 승소했다.

대법원 1부(주심 김소영 대법관)는 용문학원이 성북세무서장을 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송 상고심에서 원고 승소로 판결한 원심을 확정했다고 5일 밝혔다. 이번 판결로 용문학원은 성북세무서가 부과한 법인세와 가산세 51억 9255만원을 내지 않아도 된다.

비영리법인인 학교법인이 수익사업에 사용하던 부동산을 학교사업 용도로 변경해 쓴 경우 세금을 매길 수 있는지가 쟁점이었다.

재판부는 “부동산을 비영리사업 회계에 전입한 것이 그 자체로 수익성을 갖거나 수익을 목적으로 한 것이라고 할 수 없다”며 “부동산 시세차익을 고정자산을 처분해 얻은 이익으로 볼 경우 실제 처분하지 않은 미실현이익에 대해 과세가 되는 결과가 발생한다”고 밝혔다.

앞서 성북세무서는 이를 세법상 ‘고정자산의 처분’으로 보고 해당 부동산의 시세차익 만큼을 처분이익으로 간주해 법인세를 부과했다.

용문학원은 2008년 2월 임대사업용으로 쓰던 서울 종로구 일대 1600㎡ 대지와 지상 5층 건물을 학교부지로 사용하기 위해 용도를 변경했다. 변경 과정에서 해당 부동산의 시가가 기존 장부에 기재된 가액보다 129억 8007만원 올랐다.

용문학원은 부동산을 타인에게 판 것도 아니고 자기 사업 내에서 용도 변경한 것에 불과하므로 시세차익을 회계장부에 이익금으로 계산하지 않았다. 하지만 국세청은 기획재정부에 질의해 받은 회신을 토대로 ‘학교법인이 수익사업에 해당하는 자산을 비영리사업으로 전입한 경우 차액은 전입일이 속하는 사업연도의 수익금에 해당한다’고 봤다.

이후 국세청이 ‘시세차익은 자산처분으로 생긴 이익’이라며 법인세 51억9255만원을 부과하자 용문학원은 소송을 냈다. 1, 2심은 “수익사업에서 비영리사업으로 자산이 이전될 때는 실제 지출이 있는 경우에 한해 거래로 인식한다”며 용문학원 측 손을 들어줬다.

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