동아시아 국가 중 러시아와 가장 특별한 관계가 있는 나라는 일본이다. 중국과 한국 등 동아시아 국가와 달리 러시아와 일본은 2~3번이나 전쟁을 치렀다. 그로 인해 영토 문제를 비롯, 서로 아프고 아직까지 완전히 해결하지 못한 문제가 많이 생겼다. 그 문제 가운데 현재 러일 관계 개선에서 가장 큰 걸림돌이 되는 것은 쿠릴열도 문제다.

캄차카반도와 홋카이도 사이에 걸쳐 있으며, 오호츠크해와 태평양을 가르는 중요한 위치에 있는 56개의 섬으로 구성된 쿠릴열도에 러시아인들이 처음 들어간 것은 1640~1641년이다. 1708년 표트르 1세가 일본으로 가는 길을 찾는 탐험가에게 쿠릴열도의 원주민들을 러시아의 국적에 편입하라는 명령을 내려 쿠릴열도의 러시아 개척이 시작됐다. 이 작업은 18세기 중엽에 성과를 내기 시작하는데, 18세기 후반 상트페테르부르크조약에서 일본은 사할린섬을 러시아령으로 인정하고, 러시아는 쿠릴열도 전체가 일본의 영토임을 인정했다.

그러나 1904년 러일전쟁 패배 후 맺은 체결한 포츠머스조약에서 러시아는 일본에 한국 식민화의 길을 열어 주었고, 사할린섬의 남부를 빼앗겼다.

제2차 세계대전 중 1943년 테헤란회담에서 미국과 영국은 유럽 공격을 약속했고, 소련은 대일 참전의 조건으로 일본이 빼앗은 사할린 남부와 추가로 쿠릴열도를 요구했다. 1945년에 열린 얄타회담에서 소련은 대일 참전을 재확인했고, 재차 사할린 남부와 쿠릴열도를 요구했다. 미영 양국은 그 조건을 받아들였으며, 소련은 약속대로 1945년 8월 9일 일본에 선전포고를 했다.

쿠릴 상륙작전은 만주 공격, 한반도 해방과 남사할린 작전 다음으로 개시됐다. 1945년 8월 15일 캄차카 주둔 소련군은 슘슈를 비롯한 쿠릴열도 북쪽에 있는 여러 섬을 점령하라는 명령을 받았으며, 8월 18일 슘슈섬에 상륙했다. 쿠릴열도 주둔 일본군 제91사단장인 쓰쓰미 중장은 8월 15일 일본 항복 명령을 받았음에도 그 휘하에 있는 부대들에 항복하라는 명령을 내리지 않았고, 상륙한 소련군 부대들을 공격하기 시작했다. 슘슈 전투는 제2차 세계대전의 마지막 큰 전투였다. 소련군은 약 1500명, 일본은 약 1000명의 사상자를 냈다. 슘슈를 점령하고 다음 섬인 파라무시르섬으로 넘어가려던 소련군은 상륙을 시도했으나 일본군의 기습 폭격으로 큰 피해를 입었다. 그러고 일본군에 대한 공격을 재개했다.

소련군 공격으로 일본군 방어선이 완전히 무너졌고, 8월 21일 쓰쓰미 중장으로부터 쿠릴열도 북부에 주둔한 일본 부대들이 투항한다는 연락이 왔다. 8월 22일 오후 2시부터 일본군은 모든 저항을 포기하고 무기를 내려놓기 시작했고, 소련군은 8월 29일 쿠릴열도 북부를 점령했다. 이와 함께 홋카이도 상륙작전을 준비 중이었던 태평양함대사령부가 모스크바로부터 홋카이도 상륙작전을 취소하고 쿠릴열도 남부를 점령하라는 명령을 받았다. 8월 28일 소련군 부대들이 9월 5일까지 쿠릴열도 전체를 점령했다.

미국과 소련은 ‘일반 명령 제1호’의 내용에 합의했으며, 미국은 모든 섬들의 점령을 소련군에 맡겼다. 그 후 1951년 9월 8일 일본은 연합국과 샌프란시스코강화조약에 서명함으로써 ‘쿠릴열도에 대한 일체의 권리와 소유권 및 청구권’을 포기했다. 조약 체결 당시 일본 국회는 쿠릴열도의 남부도 쿠릴열도에 포함돼 있다고 주장했으나 1956년 2월 의견을 바꾸고, 쿠릴열도 남부에 있는 군도가 홋카이도의 일부라고 주장하기 시작했다. 쿠릴열도 분쟁의 시작이다.

1956년 10월 19일 소일 양국이 공동선언을 선포함으로써 국교가 회복됐다. 그러나 미국의 개입으로 일본은 다시 쿠릴열도 전부를 요구하기 시작했고, 소일 평화조약 협상은 결렬되고 말았다.